Fou fundada mitjançant un decret el 1993. El govern rus reestructurà un sector petrolier que estava dispers en un grup de companyies verticalment integrades. L’acrònim amb què es coneix l’empresa deriva de dues firmes de l’etapa soviètica de les quals sorgí: Juganskneftegas, un dels principals productors russos de petroli, i Kujbyshevnefteorgsintez, una antiga refineria i petroquímica. L’any 2005 el seu principal directiu i accionista, Mikhaïl Khodorkovskij, fou empresonat per evasió d’impostos, en una acció d’un clar rerefons polític segons molts observadors.