Succeí la Junta Mixta de Museus i Belles Arts, formada el 1901 a conseqüència de l’entrada a l’ajuntament de regidors catalanistes. El 1931 fou reorganitzada i començà a publicar un Butlletí dels Museus d'Art de Barcelona, que entre altres finalitats tenia la de donar compte públic de les activitats de la Junta. Pel juliol del 1936 fou convertida en Comissaria General de Museus, amb jurisdicció sobre tot Catalunya. Fou restaurada a la postguerra (1946), amb una nova formulació dels seus estatuts (1954), que limità en part les seves atribucions (museu). Ha estat presidida, entre altres, per Josep Llimona, Pere Coromines i Josep Puig i Cadafalch. La llei de museus de la Generalitat de Catalunya, de 1990, la reorganitzà novament i li atribuí funcions d’assessorament i coordinació de tots els museus de Catalunya i, especialment, d’aquells que tenen caràcter nacional, i li fou canviat el nom oficial pel de Junta de Museus. Els seus òrgans bàsics són el ple, presidit pel president de la Generalitat, i la comissió executiva, integrada per tècnics de museus. Hi són representades les principals institucions que gestionen museus a Catalunya.