El lloc de la Cisa és esmentat ja el 995, i la masia, al segle XIII; hom té referències del santuari des del 1408; l’edifici construït el 1543 fou cremat el 1713 per les tropes borbòniques (només en restà la imatge gòtica). El nou edifici fou acabat el 1759. Fins el 1936 posseí una gran quantitat d’exvots mariners.