Li foren atribuïts assassinats i altres accions violentes i delictes comuns. La relació que les autoritats establiren entre La Mano Negra i la Federació de Treballadors de la Regió Espanyola justificà una gran repressió sobre aquesta organització. Centenars d’afiliats de Cadis i de Jerez de la Frontera foren detinguts i processats en la causa que se'n seguí, tot i que la FTRE negà tota relació amb la suposada organització. Set persones en resultaren condemnades a mort i executades i centenars d’altres reberen penes de presó i foren confinades a les Filipines. Vint anys després (1903) fou revisat el procés i els presos foren alliberats.