El seu objectiu és obtenir recursos econòmics per a la investigació científica de malalties que, ara per ara, no tenen curació definitiva. També fa una important tasca de sensibilització de la població catalana respecte a les malalties a les quals es dedica el programa, que se celebra anualment un diumenge del mes de desembre i té una durada aproximada de 15 hores en directe, en els quals es combinen sensibilització, divulgació científica i entreteniment. Els músics, actors, i personalitats públiques que hi participen ho fan de manera desinteressada. La recaptació se situà, fins el 2003, en uns 3-4 milions d’euros de mitjana, i, a partir del 2004, en uns 9 milions.
Les successives maratons han estat dedicades a la leucèmia (1992), la síndrome de Down (1993), el càncer (1994), les malalties del cor (1995), les malalties neurològiques (1996), les malalties genètiques hereditàries (1997), la diabetis (1998), els trasplantaments (1999), les malalties mentals (2000), la sida (2001), les malalties inflamatòries cròniques (2002), les malalties respiratòries cròniques (2003), el càncer (2004), la malaltia d’Alzheimer (2005), el dolor crònic (2006), les malalties cardiovasculars (2007), les malalties mentals greus (2008), les malalties minoritàries (2009), les lesions medul·lars i cerebrals adquirides (2010), la regeneració i el trasplantament de teixits (2011), el càncer (2012), les malalties neurodegeneratives (2013), les malalties del cor (2014), l’obesitat i la diabetis (2015), l’ictus i les lesions medul·lars i cerebrals traumàtiques (2016), les malalties infeccioses (2017), el càncer (2018) i les malalties minoritàries (2019). L’any 2016 la Fundació La Marató de TV3 rebé la Creu de Sant Jordi.