Es formà probablement al Plistocè pels al·luvions dipositats pel Túria i el Xúquer, l’acumulació dels quals arribà fins a les illes de la serra de Cullera (222 m alt.), la muntanyeta dels Sants, de Sueca, i d’altres elevacions que ara destaquen del toll. Els aportaments fluvials i el corrent longitudinal afavoriren la formació d’un cordó litoral arenós, posteriorment dunar (hom l’anomena la Devesa, probablement per les caceres reials), que delimitaria l’estany. De les goles o obertures de comunicació amb la mar, la del Perelló i la del Perellonet semblen naturals, mentre que la gola del Pujol fou afegida el 1953. D’altra banda, els nombrosos meandres o raconades que hom troba a l’altura de Sueca suggereixen un trajecte final del Xuquer i del Túria diferent de l’actual.
Avui la forma de l’Albufera és més o menys semicircular, diferent de com és representada als mapes del segle XVIII o al de la Comissió Hidrogràfica (1877), que correspon a la realitat; quant a la profunditat màxima, arriba als 2 m en alguns clots del centre de la llacuna, i al costat limitat per la Devesa la fondària és d’1,5 m. Dins el perímetre del llac hom troba joncars, anomenats mates i matetes, que han donat lloc a topònims: la mata de Sant Roc, la mata del Fang, l’Antina Llarga, la mata Redona, la mata de Torre en Torre, la mata del Brossar, etc. L’alimentació d’aigua ja no prové directament dels rius, sinó de les escorrialles dels canals de reg i de l’aportació eventual del barranc de Xiva o Torrent i d’altres d’insignificants que cobreixen, però, una conca col·lectora de 700 km2. Els encongits límits actuals són obra humana, efecte dels aterraments (terraplenament i bonificació de parcel·les submergides); la superfície de 5.010 ha el 1877 minvà fins a 3 114 el 1926, quan fou fet l’amollonament definitiu i hom prohibí ulteriors rebliments.
L’Albufera i els seus aiguamolls constituïren possessió reial que es reservà Jaume I, bé que hi permetia la pesca. Diversos reis intervingueren després per a regular-ne la utilització, especialment Carles III; Carles IV la donà a Godoy, i Napoleó (1812) al mariscal Suchet, els descendents del qual conserven a França el títol de ducs d’Albufera (ducat d’Albufera).
© Fototeca.cat
El 1865 passà a l’estat i, després de l’ordenament definitiu, fou donada al municipi de València el 1926. Els arbitristes dels segles XVII i XVIII elaboraren els projectes aleshores utòpics de dragar el Túria fins a València i la transformació del port de Cullera en eixida de València. El peculiar entorn donà lloc a una forma de vida molt característic, alguns elements de la qual encara sobreviuen, tipificada pel conreu de l’arròs, l’habitatge (barraca), la pesca i la cria d’anguiles i la gastronomia (allipebre).
Els arrossars d’entorn de l’Albufera, des d’Alfafar fins a Sueca, cobreixen més de 10.000 ha, alimentades per les aigües d’una Comunitat de Desguassament. La “plantada” de l’arròs —replantada, en realitat— s’efectua al marjal prèviament llaurat i inundat. Per a regular el nivell general del llac, i conseqüentment dels arrossars, hom sol tancar les comportes de les goles des del final d’octubre fins al començament de gener; la resta, ho és per mitjà de motobombes i de rodes hidràuliques.
L’activitat pesquera, important, és testimoniada des dels temps medievals. En passar el llac a l’estat (1865), foren atorgades escriptures d’arrendament a les tres comunitats del Palmar, Catarroja i Silla, a la primera de les quals les calades (llocs on són fixades les xarxes) són objecte de sorteig anual. En la pesca als canals i a les séquies, especialment a Sueca i a Silla en zones llogades pels ajuntaments respectius, els pescadors s’organitzen en confraries com la del Perelló i del Perellonet.
Moltes d’aquestes activitats tradicionals, com també la cacera d’aus aquàtiques (singularment abundants en nombre d’espècies i població), continuen i des dels anys seixanta l’impacte humà sobre l’entorn de l’Albufera s’ha intensificat amb la construcció de nombrosos hotels i apartaments i l’afluència massiva de banyistes a la platja del Saler. Per tal d’aturar el procés de degradació i assegurar la singularitat del patrimoni natural d’aquesta zona humida, el 1986 fou creat el parc natural de l’Albufera.