La primera edició, apareguda el 1857, comprenia un poema pròleg i cent poemes numerats i distribuïts en seccions subtitulades; aquesta aparença de composició premeditada, però, fou feta a posteriori: els poemes foren escrits ocasionalment en el decurs de setze anys. El títol —ideat, sembla, per un amic del poeta, que havia pensat en Les Lesbiennes i Les Limbes— contribuí a provocar el procés que li fou incoat per obscenitat (el mateix any que hom processava Madame Bovary); Baudelaire i el seu editor foren condemnats a una multa i sis dels poemes foren prohibits. El 1861 n'aparegué una segona edició, amb trenta-dos poemes nous, i el 1866, una sèrie de Nouvelles Fleurs du mal (quinze poemes) en un recull periòdic. La primera edició pòstuma (1868) fou augmentada, sense gaire criteri, amb poemes de joventut, obres mediocres, etc. El 1917 les obres de Baudelaire es popularitzaren, i quan l’editor Calmann-Lévy en publicà una edició popular, amb els poemes prohibits, obtingué un èxit immens.