Des de temps molt antic hom establí el costum d’anotar els baptismes administrats en les parròquies. A l’edat mitjana aquest costum havia arrelat en molts llocs, i fins i tot s’inserien sumàriament en llibres anotacions breus referents a haver conferit aquell sagrament, la majoria de les vegades limitades al nom patronímic i de la casa. Quan convenia d’acreditar el baptisme, hom ho feia generalment mitjançant testimonis, quan no vivia o no era present el sacerdot que ho podia adverar.
A Catalunya els escassíssims llibres de baptismes conservats de l’època medieval no daten de més enllà del segle XV. Aquest costum s’anà fent llei diocesana en les constitucions sinodals d’alguns bisbats, com a Girona, on en el sínode de l’any 1502 el bisbe Berenguer de Pau ordenà que tots els curats de la diòcesi portessin un llibre on hom assentaria els noms i cognoms dels batejats, la data en què fos conferit el baptisme i els noms dels pares i dels padrins, tot enregistrat dins el terme de sis dies; aquest llibre havia d’ésser desat al mateix armari dels manuals dels testaments parroquials. El concili provincial de Tarragona de l’any 1555 pressuposa com un fet general que arreu de Catalunya existeixen ja els llibres de baptismes i els de defuncions, i pena amb excomunió i penyora de 50 sous els rectors que no tinguin cura de portar-los. Bé que era corrent, en general, que cadascuna de les matèries (baptisme, matrimoni i defunció) s’enregistressin en llibres, separats, en algun lloc de Catalunya, especialment a la diòcesi de Lleida, on no eren admeses les constitucions sinodals, baptismes, defuncions, matrimonis, confirmacions i confessions (o compliment pasqual) figuraven en un llibre o volum únic. Aquest llibre, dit dels quinque libri, estigué en ús en alguns llocs fins ben avançat el segle XVIII.
En la sessió 24 del Concili de Trento (any 1563), fou declarat obligatori a tota l’Església catòlica que els rectors portessin els llibres de baptismes, de matrimonis i de defuncions. Com a notes marginals a les partides de baptisme i de matrimoni, hom fa constar si ha estat contret matrimoni, o han estat rebuts ordes sagrats, o bé la cancel·lació de la nota de casament en el cas que els tribunals eclesiàstics n'hagin declarat la nul·litat. Els assentaments dels llibres parroquials del baptisme, de defunció i de matrimoni, portats degudament i signats, havien donat fe en l’ordre civil sobre l’estat de les persones.
Una ordre reial de l’any 1837 manà, per a la major perfecció dels llibres de baptismes i per raó de les garanties que els eren reconegudes en matèria judicial i administrativa, que hom consignés en els assentaments el nom del batejat, el lloc, el dia i l’hora del seu naixement, la seva legitimitat o il·legitimitat, els noms, cognoms, natura, veïnatge i professió dels pares i avis, en cas que l’individu enregistrat fos fill de matrimoni legítim. Amb la creació del Registre Civil, per llei de l’any 1870, les certificacions de baptisme només tenen efectes civils i administratius per a justificar el naixement i la filiació d’aquelles persones nascudes abans d’entrar en vigor aquella llei.
Els llibres de baptismes són documents molt importants en el camp de la investigació històrica, especialment per als estudis biogràfics i genealògics i de geografia humana.