Després d’una expedició a les Antilles, passà al Perú (1554), on intervingué en les lluites civils a favor de Pizarro. L’any 1559 s’afegí al viatge a les riberes del Marañón que Pedro de Ursúa organitzà amb la finalitat de trobar-hi Eldorado. Aguirre dirigí la rebel·lió contra Ursúa, i, després d’assassinar-lo i de nomenar Guzmán nou cap de l’expedició (1561), es proclamà independent de Felip II, cap dels marañones i rei del Perú, on es dirigí amb la intenció de conquerir-lo. Però fou assassinat per un dels seus, a causa de la seva crueltat.