Documentada com a seu diplomàtica en època visigòtica, caigué en poder dels sarraïns i fou destruïda per Carles Martell el 737, motiu pel qual el clergat i una bona part dels habitants es traslladaren a Substantion, localitat de l’interior propera a Castelnau-le-Lez també desapareguda actualment. El 1060, alhora que el comte s’establia a Mauguió, el bisbe tornà a Magalona, on fou construïda una catedral romànica, encara existent; el 1115 hi fou consagrat bisbe de Barcelona sant Oleguer. La canònica d’aquesta seu adoptà la regla de sant Agustí. Magalona patí la competència progressiva de Montpeller, on es traslladà la major part de la població i, el 1563, la seu episcopal.