Els seus orígens es remunten a Malatesta, un propietari de Montefeltro recordat en un acte de compra de terres el 1186. Els membres d’aquesta família foren partidaris dels güelfs. Dirigits, primer, per Malatesta I da Verucchio (mort el 1248), podestà de Rímini, ho foren després pel fill d’aquest, Malatesta II, el Mastin vecchio citat per Dant (mort el 1312), que s’ensenyorí de diversos territoris de la Romanya i de les Marques. Al llarg de diverses successions, els Malatesta, que s’havien dividit les possessions familiars, obtingueren del papa, el 1392, la investidura perpètua de l’Estat Pontifici. Però diverses rivalitats familiars (Galeazzo Malatesta, senyor de Pesaro, cedí els seus dominis als Sforza milanesos el 1445, Domenico Malatesta cedí Cervia, Venècia i Cesena al pontífex) culminaren en una pèrdua gradual del poder i en l’acceptació d’una total dominació pontifícia durant el s XVI.