Germà del violinista Enric Ainaud i pare dels historiadors Joan i Josep Maria Ainaud i de Lasarte. Començà els seus estudis a l’Ateneu Obrer de Barcelona i aviat adquirí renom com a dibuixant. Formà part del grup els Negres, dintre el postmodernisme. Els temes dels seus dibuixos, fets al carbó, són escenes urbanes i populars, vistes sovint amb una certa intenció social; aquests dibuixos són conservats al Museu d’Art Modern de Barcelona i a col·leccions privades. Conreà també l’escenografia. L’any 1905 creà, amb alguns dels seus amics, l’Agrupació artística, que organitzà diverses exposicions molt notables.
Ingressà l’any 1909 com a professor de dibuix i treballs manuals a l’Escola Horaciana, capdavantera dels nous corrents pedagògics. Passà després a exercir el càrrec de director del Col·legi Mont d’Or (1910-15). L’any 1915 fou elegit president de l’Ateneu Enciclopèdic Popular. En aquesta activitat començà la tasca definitiva de Manuel Ainaud: la campanya pro escoles noves a través de la premsa, mobilitzant les entitats obreres, organitzant conferències en tots els centres populars i manifestacions ciutadanes. El fruit d’aquesta campanya fou el seu ingrés com a assessor tècnic de la Comissió de Cultura de l’Ajuntament de Barcelona (1917). A través d’aquest organisme, emprengué la seva obra a favor d’unes escoles noves. En col·laboració amb l’arquitecte Josep Goday, que projectà uns excel·lents edificis, i, entre els anys 1917 i 1934, creà un conjunt d’escoles que ràpidament adquiriren un prestigi internacional: els grups Baixeras, Lluís Vives, Pere Vila, Milà i Fontanals i Ramon Llull i les escoles del Bosc, del Mar, del Guinardó, de la Farigola i de Vil·la Joana.
Manuel Ainaud ideà també el Patronat Escolar de l’Ajuntament de Barcelona (1922), gràcies al qual pogué formar i triar els mestres que infongueren l’esperit de la nova pedagogia als grups escolars.
Durant la Dictadura del general Primo de Rivera, Manuel Ainaud fou destituït, però després d’aquesta fou reposat en el seu càrrec (1930) i novament emprengué la tasca interrompuda, que continuà fins al final de la seva vida. Fou, a més, nomenat membre del Consell de Cultura de la Generalitat de Catalunya, vocal del Comité de la Llengua i conseller d’instrucció pública a Madrid.