Era un hidalgo que el 1784 s’enrolà en els guàrdies de corps a Madrid, on féu amistat amb els prínceps d’Astúries, sobretot amb la futura reina Maria Lluïsa, de qui hom diu que fou amant. Això i els seus dots polítics feren possible una ràpida carrera, i el 1792 substituí Aranda com a primer ministre de Carles IV. Inicià la guerra contra la França revolucionària (1793-95), en la qual abandonà Catalunya a les seves forces, desguarnida d’homes i de material. Però després s’alià amb França, fet que ocasionà dues guerres amb Anglaterra (1796-1802 i 1804-08), causa del desballestament del circuit comercial amb les Índies, el qual, juntament amb les mesures d’una certa llibertat industrial a les colònies americanes, provocà una forta recessió econòmica, especialment notable per a la indústria del Principat. Lligat amb això, i per pal·liar les necessitats de les finances públiques, portà a terme l’anomenada desamortització de Godoy —de fet iniciada pels primers ministres Saavedra i Urquijo (1798-1800)—, la qual el 1808 havia posat en circulació un 15% de les terres eclesiàstiques a la corona de Castella; també en aquesta línia aconseguí els breus pontificis de 1805-06, que possibilitaven la venda d’una setena part dels béns eclesiàstics. Després de la pau amb França (Ginebra, 1795), es casà (1797) amb Maria Teresa de Borbó, comtessa de Chinchón, cosina germana de Carles IV, de la qual es divorcià, i es casà després secretament (1829) amb la seva amant Josefa de Tudó i Catalán. Seguí una línia ambigua de teòrica protecció al pensament i les personalitats de la Il·lustració i de severíssima repressió contra qualsevol crítica als pilars de l’Antic Règim; les pressions dels grups il·lustrats i l’animadversió dels membres del Directori francès provocaren la seva destitució el 1798, però al cap de dos anys recuperà el poder efectiu. Com a generalíssim dirigí aleshores la guerra de les taronges contra Portugal (1801). Els fracassos de la segona guerra contra Anglaterra (sobretot la derrota de Trafalgar, 1805), el seu despotisme ministerial i la seva feblesa davant les pressions de Napoleó (demostrada en el tractat de Fontainebleau, quan aquest li prometé un principat a Portugal, 1807), li feren perdre prestigi. Aleshores una sèrie de conxorxes entre l’aristocràcia i els mateixos francesos, encapçalades pel príncep d’Astúries, el futur Ferran VII, portaren a la frustrada conspiració d’El Escorial (1807); Godoy volgué processar Ferran, fet que el desprestigià més encara. En adonar-se de les clares intencions franceses d’enderrocar els Borbó, Godoy probablement planejà una fugida dels sobirans a Amèrica, que no fou possible, car, prèviament, el motí d’Aranjuez (19 de març de 1808) obligà Carles IV a abdicar i aconseguí l’empresonament de Godoy. Napoleó el reclamà a Baiona, on actuà com un ninot en l’afer de les abdicacions. El 1812 es traslladà amb la reina Maria Lluïsa a Itàlia i el 1832 a París, on escriví unes importants Memorias (1836-42). Bé que Isabel II el rehabilità el 1847, ja no tornà a la península Ibèrica.