Començà a dibuixar a llapis quan era a França, on el seu pare treballava en una mina de carbó. L’any 1941 es traslladà a Sabadell, on vivia la seva germana gran. Les seves primeres composicions plàstiques, les feu amb mostres de colors sobrants, al magatzem de llanes on treballava. Són quadres de colors vibrants que deixaven entreveure la seva intuïció i que exposà l’any 1943 a la mateixa ciutat. Deixà el magatzem i començà a impartir classes de dibuix i francès en una escola.
El 1951 entrà en contacte amb artistes barcelonins i visità habitualment els museus d’art de la ciutat. El 1953 feu el seu primer viatge per Espanya i el 1954 es traslladà a París, on treballà en un taller de ceràmica. Allà establí relació amb Antoni Clavé, els Gaspar i Joan Vilacasas. Visità els museus i les galeries d’art de la ciutat, on conegué alguns dels artistes més avantguardistes, així com els crítics d’art Pierre Restany i Julien Alvard. El 1959 exposà per primer cop a la Galerie Breteau, compartint cartell amb Dubuffet, Fautrier, Michaux o Tobey, entre d’altres. Aquestes agrupacions se succeïren diverses vegades en diferents indrets de París. Des d’aquest moment la seva activitat artística fou incansable i buscà constantment l’essència de la pintura i el perquè de la seva pròpia plàstica.
Al començament del 1960 la seva obra s’exposà a Sabadell gràcies a Llorenç Balsach, amb qui promogué la creació del Grup Gallot, juntament amb Joan Bermúdez, Lluís Vila, Alfons Borrell, Antoni Angle, Joaquim Montserrat i Josep Llorens, un col·lectiu que nasqué amb la voluntat de renovar el panorama artístic local.
Fou un investigador incansable, i el seu objectiu era anar a la recerca de la veritat de l’art, camí que l’apropà a una idea de la natura. Així en deixà constància en el manifest Rehabilitar la pintura (1965). L’any 1969 buscà el seu primer taller a Sabadell de la mà de Manel Gili. L’any 1990 exposà amb els joves artistes Ramiro Fernández Saus, Oriol Vilapuig i Pablo Aizoiala, amb els quals tornà a exposar més d’una vegada. L’any 1998, cinc dies abans de la seva mort, es publicà el llibre Manuel Duque. Una visión retrospectiva 1943-1997, que recull el conjunt de la seva obra.