Bé que ja als s. XII i XIII hom troba alguns Margarit — Pere Margarit
(1145) i Guillem Guerau Margarit
(1150), templers, Berenguer Margarit
(s. XII), cavaller de l’Hospital, Vicenç Margarit
, que acompanyà Jaume I a la conquesta de València—, no fou fins el 1346 que aparegué un membre pertanyent amb seguretat a aquest llinatge: Bernat
(I) Margarit
(mort el 1366), ciutadà, que posseïa, al barri del Mercadal de Girona, una ferreria, i diversos béns a la parròquia de Sant Gregori, a la qual els seus successors restaren íntimament vinculats; fou reboster de l’infant Joan. Un probable germà seu, Berenguer Margarit
, fou (1351-63) tresorer de Pere III. El fill de Bernat (I), Bernat
(III) Margarit
(~1340 — 1414/16), rebé el privilegi de cavaller (1377), fou conseller i conestable de l’infant Joan i uixier seu quan ja fou rei (1387). Com a cavaller, formà part del braç militar a les corts (1392). En morir Joan I, fou depurat, condemnat a pagar una multa de deu mil florins i empresonat (1397-98), juntament amb Bernat Metge. Probablement fou germà seu Joan Margarit
, que fou veguer de Camprodon (1400), castellà d’Alacant (1404) i, probablement, pare de Joan Margarit
, abat d’Amer (1449-76), que prengué part activa a la guerra civil, primer com a enemic de Joan II i després com a col·laborador seu, i avi de Joan Margarit
(~1400 — ~1456), que fou secretari d’Alfons IV a Itàlia. És probable que fossin fills d’aquest darrer Bernat Margarit
, abat de Sant Pere de Rodes i bisbe de Catània, Miquel Margarit
, capità de Llançà, i Francesc
o Francí Margarit
. De dos fills de Bernat
(II), en sortiren les dues línies del llinatge. La línia primogènita dels senyors de Sant Gregori
fou formada per Joan Margarit i de Peguera
, probable veguer de Girona (1440-42), que es casà amb Caterina de Pau i foren pares de Joan Margarit i de Pau
i de Bernat
(III) Margarit i de Pau
, dit el Jove
(~1395 — ~1480), senyor de Sant Gregori, que protagonitzà, gràcies al fet d’ésser nebot del bisbe Bernat de Pau, nombrosos incidents a la ciutat. Les milícies populars del sagramental saquejaren (1454) la casa que posseïa al Mercadal i el molí de Sant Gregori, conflicte que es polaritzà en un enfrontament entre el llinatge i la menestralia gironina. Dels germans que tingué, Berenguer Margarit i de Pau
, també cavaller, prengué part en diverses bandositats per tal de controlar el govern de la ciutat i fou detingut per ordre dels cavallers (1458-59), i Francesc Margarit i de Pau
(~1425 — ~1478) fou destinat a la carrera eclesiàstica, però ja el 1463 havia penjat els hàbits i era cavaller. La guerra civil (1462-72) beneficià el llinatge, enriquit pels drets que posseïen en la percepció d’una part dels de la corona sobre els molins fariners situats al Ter i al rec Monar des de Vilanna a Girona. En recompensa dels serveis de guerra, Bernat (III) rebé les senyories de Palafrugell, Palamós i Santa Coloma de Farners, ultra uns altres béns lliurats al seu gendre, Joan de Sarriera, senyor de Vulpellac, casat amb la seva filla Violant Margarit i Bertran
. El succeí el seu fill Lluís Margarit i Bertran
(nascut vers el 1445), que es casà (1477) amb Joana de Requesens i foren pares de Joan Margarit i de Requesens
, que fou bisbe de Girona (1534-54), de Jeroni de Margarit i de Requesens
(pare de Llàtzer de Margarit
) i de Lluís Margarit i de Requesens
, que el succeí com a cap del llinatge. Aquest, o un fill seu homònim (mort vers el 1580), es casà amb Elisabet i foren pares de Mariàngela de Margarit
, que aportà (1588) els béns d’aquesta línia al seu marit Pere d’Espés. Llur filla, Elisabet de Margarit i d’Espés
, els aportà al seu marit, Joaquim de Reguer i de Ferrer, i a llurs descendents, que també es cognomenaren Margarit. La línia secundària dels senyors de Castell d’Empordà
fou iniciada per Bernat Margarit i de Peguera
dit el Vell
(~1395 — ~1480), que es casà amb la pubilla Francesca de Santfeliu-Vilaragut, senyora del Castell d’Empordà, Ullastret, Monells i Sant Iscle, i fou veguer de Barcelona. Lluità (1426-28) en la guerra dels Cent Anys, defensant el “rei de Bourges” a Tours i a Melun. Participà a les corts de Barcelona (1446-48) i a les de Perpinyà (1449-50). Juntament amb els seus nebots Bernat
(III), Joan
i Francesc Margarit i de Pau
i altres membres de la família, protagonitzà la cèlebre defecció del 1471, que decantà la guerra civil a favor de Joan II. La seva filla i hereva, Constança Margarit i de Santfeliu
, es casà (1455) amb Joan Bertran i foren pares de Pere Margarit
, del qual foren fills Alfons Carrillo i Margarit
, cavaller de l’orde de Calatrava, i Lluís de Margarit i Carrillo
, l’hereu, senyor del Castell d’Empordà. Aquest fou pare de Pere de Margarit i de Vallseca
, que es casà amb la pubilla Jerònima de Gallard, senyora de Sant Feliu de la Garriga, els quals succeí llur fill Leandre de Margarit-Desvern i de Gallard
, que es casà, primerament, amb Elisabet Sunyer i, després, amb Jerònima de Vilanova i Desvern. Fill de la primera muller fou el noble Felip de Margarit-Gallard i Sunyer
, que fou pare de Vicenç de Margarit i de Biure
i de Josep de Margarit i de Biure
. Aquest darrer tingué, entre altres fills, Joan de Margarit i de Biure
, el qual fou avi de la darrera representant d’aquesta línia, Joana Hipòlita de Margarit-Cruïlles de Santa Pau i de Casteràs
, marquesa d’Aguilar, comtessa de Montagut, baronessa de Castellfollit de la Roca i de Mosset, senyora de Sant Joan Sesfonts, Castellar de la Muntanya i Castellar de la Selva, que aportà aquests béns als seus descendents i als del seu marit Pere Francesc Bou i Pujol (mort l’any 1792).
Armes dels Margarit