Es graduà en història a la Universitat de Leiden (1992), i posteriorment treballà en l’empresa privada, especialment a Unilever, de la qual fou un alt executiu. Militant de les joventuts del Partit Popular per la Llibertat i la Democràcia (Volkspartij voor Vrijheid en Democratie, VVD), que presidí en 1988-91, posteriorment fou membre del seu Consell Nacional (1993-97) i des de l’any 2006 és el líder del partit. Diputat a la Cambra de Representants (2006-10), fou successivament secretari d’estat d’Afers Socials i d’Educació en dos dels governs de Jan Pieter Balkenende (2002-06). En les eleccions del juny del 2010 encapçalà el VVD, que fou el partit més votat, bé que obtingué una majoria simple que l’obligà a negociar un govern de coalició amb els democratacristians del CDA i el suport extern del partit antiimmigració de Geert Wilders. A l’octubre fou investit primer ministre, càrrec ocupat fins aleshores per J.P. Balkenende.
L’abril del 2012, en no obtenir suport per aprovar els pressupostos, dissolgué el govern i convocà noves eleccions. Celebrades a l’octubre, el VVD aconseguí una victòria justa per davant dels laboristes, amb els quals formà una coalició de govern encapçalada novament per Rutte. D’aquesta manera pogué activar els plans d’austeritat per a fer front a la crisi econòmica, impulsats pel ministre de Finances, el laborista Jeroen Dijsselbloem. L’1 de gener de 2016 assumí la presidència de torn de la Unió Europea. En les eleccions generals del març del 2017, Rutte, al capdavant del VVD, fou el vencedor dels comicis i aconseguí 33 escons (sobre 150). L’escassa majoria assolida, però, comportà que les negociacions per a la formació de nou govern fossin les més llargues en la història dels Països Baixos. Al capdavant d’una coalició entre el seu partit, el centrista D66, el CDA i la Unió Cristiana, Rutte fou novament investit primer ministre l’octubre del 2017.
El 15 de gener de 2021, el govern de Rutte dimití en bloc arran d’irregularitats en la retirada d’ajuts a famílies immigrants. Tanmateix, Rutte assolí de nou la victòria en les eleccions parlamentàries del mes de març del mateix any en aconseguir 36 escons, i a finals d’any formalitzà un nou govern de coalició, que li permeté ser investit de nou primer ministre el 10 de gener de 2022. Davant del desacord de la coalició governant en la gestió de la migració, el 7 de juliol de 2023 Rutte dimití i convocà noves eleccions. Celebrades al novembre, la victòria fou pel partit populista de dretes Partit per la Llibertat (PVV), liderat per Geert Wilders, amb 37 escons. Els resultats provocaren la renúncia de Rutte al capdavant del VVD, encara que es mantingué en el càrrec de primer ministre en funcions fins a la investidura d’un nou govern, que en data de juny del 2024 encara no havia tingut lloc per les desavinences entre el partit guanyador i els partits que li donaven suport en l’elecció del nou primer ministre.
Al juny del 2024, durant el seu mandant en funcions, Rutte fou elegit nou secretari general de l’OTAN en substitució del noruec Jens Stoltenberg.