L’any 1635 fou comissionat per a inspeccionar l’administració de l’audiència del Principat i les activitats dels funcionaris reials. La seva tasca d’inspecció (1635-36) coincidí amb l’enduriment de les relacions entre el Principat i Madrid. Bayetola es queixà del poc esperit de cooperació de les autoritats catalanes, fins i tot del lloctinent, i féu detenir els nobles Josep Margarit i Ramon de Guimerà, dirigents importants de la revolta del 1640.