Té l’origen en l’adquisició el 1668 d’una apotecaria a la ciutat per part de Friedrich Jacob Merck. Un dels seus descendents, Heinrich Emanuel Merck, isolà i identificà els alcaloides al seu laboratori, i el 1827 n'inicià la producció a l’engròs, a partir de la qual impulsà un negoci de preparats i de medicaments, especialment des del 1890. Entre els productes que manufacturà i comercialitzà amb més èxit cal esmentar la morfina i, més tard, la cocaïna i els preparats vitamínics. Fins els anys vint, la direcció de l’empresa estigué sempre vinculada a la família Merck. El 1891 establí una filial als EUA registrada (des del 1927) amb el nom de Merck & Co , que després de la Primera Guerra Mundial fou confiscada pel govern dels EUA i establerta com una empresa independent. Després de la Segona Guerra Mundial diversificà la seva producció, que inclou des de pesticides, conservants, fins a medicaments (corticoides) i cristall líquid. El 2007 adquirí l’empresa suïssa de biotecnologia Serono i vengué la seva filial britànica Generics UK. Aquest any tingué uns ingressos de 7,057 mil milions d’euros, i el nombre d’empleats era de 31.000 repartits en més de 50 estats.