Situada el NE de l’illa, la ciutat s’aixeca en forma d’amfiteatre sobre una badia de l’estret que li dóna nom, al vessant del Peloritani, i s’estén per la plana costanera vers el S. Reconstruïda després del terratrèmol del 1908, presenta un aspecte modern. L’activitat del seu port, en altre temps important, es redueix ara al transport de viatgers a la península, amb la qual la uneix un servei de transbordador. Seu universitària des del 1549 i arquebisbat, és centre industrial (metal·lúrgia, indústria química i alimentària).
Antiga Zankle, fundada pels pirates de Cumes, passà a poder dels samis i, el segle V aC, dels messens (desterrats de llur pàtria i dirigits pel tirà Anaxilau de Reggio), que li donaren el nom actual. El 289 aC fou conquerida pels mamertins, els quals, en lluita amb els cartaginesos, demanaren ajut als romans, que prengueren la ciutat i la feren aliada. Dominada des del 468 pels vàndals i, posteriorment, pels ostrogots, fou reconquerida per Belisari (531) i presa pels àrabs (842) i pels normands (1061). El 1282 la ciutat prengué part en l’alçament de les Vespres Sicilianes. Assetjada per Carles I de Nàpols, fou eficaçment alliberada per les forces catalanes de Pere II de Catalunya-Aragó (setembre del 1283), arribades de poc a Sicília. De Messina partiren les naus dels almogàvers vers l’imperi Bizantí, el 1303. La ciutat, fou, juntament amb Palerm, el centre principal de l’administració catalana a Sicília. Tingué consolat de catalans des del s. XIV fins al XVII. El 1848 es rebel·là contra Ferran II de les Dues Sicílies, el qual la féu bombardejar; això no obstant, fou la darrera ciutat siciliana a retre's als piemontesos.
La ciutat conserva restes romanes (necròpolis dels segles II i III) i diversos temples cristians (alguns dels quals foren edificats sobre antics temples pagans), la catedral, l’església de l’Annunziata dei Catalani (s. XI, sobre el temple de Posidó), la de Santa Maria la Cattolica (sobre un Panteó). La majoria d’aquests edificis, destruïts pels terratrèmols del 1783 i el 1908 i els bombardeigs del 1943, han estat reconstruïts.