A diferència dels grans museus europeus, els seus fons han estat reunits per la iniciativa privada. Posseeix notables col·leccions d’art egipci, grec, romà, oriental i europeu (especialment pintura del s XV ençà). L’any 1938 fou inaugurada la secció d’art medieval (The Cloisters), situada en un edifici independent al qual s’integren, totalment o en part, monuments traslladats de pedra en pedra des d’Europa, com ara el claustre de Sant-Guilhem-del-Desert o la capella de Fuentidueña. També hi ha bona part del claustre de Cuixà i les tombes dels comtes d’Urgell, procedents de Bellpuig de les Avellanes.