Aquestes relacions poden ésser beneficioses (aliments obtinguts per fermentació) o perjudicials (contaminacions microbianes que causen deterioració o intoxicacions).
Les fermentacions industrials d’interès alimentari són degudes a bacteris làctics —sols (olives, embotits, iogurt, formatge) o amb uns altres microorganismes (formatge, salses de soia)—, bacteris acètics (vinagre), llevats (begudes alcohòliques, pa), etc.
La deterioració biològica dels aliments és deguda a microorganismes (bacteris, llevats, floridures). Les contaminacions per bacteris patògens ocasionen toxinfeccions (salmonel·losi) o intoxicacions (botulisme, estafilocòccia), que hom pot evitar amb una preparació o una conservació adients.