Hi ha diversos criteris de classificació. Es poden subdividir en orgànics i inorgànics, si es té en consideració la seva composició química, ja sigui orgànica o bé inorgànica segons disposin o no d’almenys d’un enllaç químic carboni-carboni. Una altra forma alternativa de subdividir-los, és en base a que la seva presència en el medi estigui legislada o no. Els primers es denominen com a prioritaris i els segons emergents.
Els prioritaris es caracteritzen perquè els seus efectes nocius són coneguts i contrastats. A més, el llistat de compostos regulats poden variar d’un continent a l’altre (EUA, UE, Austràlia). En canvi els emergents constitueixen un grup molt ampli de compostos que inclouen fàrmacs, productes d’higiene personal, antioxidants, hormones, etc. que s’han detectat al medi, però els seus efectes no resulten del tot coneguts o contrastats. Així doncs, els contaminants emergents poden incorporar-se a la categoria dels prioritaris si es demostra que donen efectes nocius, ja que els llistats es revisen periòdicament.
Una altra forma de classificar els microcontaminants orgànics és en base a la seva persistència en el medi. Els persistents són els que presenten una vida mitja superior als 2 mesos en aigua i 6 mesos en sòls ja que resulten poc afectats pels processos que comporten la seva eliminació, coneguda com a mineralització. Entre els processos que comporten la seva eliminació destaquen la fotooxidació, la biodegradació, l’oxidació, la hidròlisi, etc.
Els compostos persistents que a més resulten tòxics i/o poden ser acumulats pels organismes són els més perillosos i s’han prohibit en l’àmbit global pel Programa de les Nacions Unides pel Medi Ambient mitjançant el Conveni d’Estocolm aprovat el 2001 (aldrin, clordà, DDT, dieldrin, endrin, heptaclor, hexaclorobenzè, mirex, toxafè, policlorobifenils i dioxines i furans). Els efectes que poden produir els microcontaminants als organismes són molt diversos i depenen de la concentració a la qual es troba en el medi (exposició) i del grau de perillositat del compost en qüestió. Així doncs, els efectes que es produeixen són a mitjà o llarg termini, ja que les concentracions solen ser baixes o molt baixes i són coneguts com efectes crònics.
Aquests efectes són els més difícils de valorar pel llarg termini en què es manifesten. Entre els efectes més estudiats destaquen els carcinògens, mutagènics, teratogènics, neurotòxics, la disrupció endocrina, la resposta als xenobiòtics, etc. Per tant, hom pot afirmar que els efectes sobre la salut humana i els ecosistemes són molt lluny de ser coneguts, de manera que per prudència cal reduir-ne o eliminar-ne l’exposició a fi de minimitzar-ne els riscos.