Pertanyent a l’orde benedictí, apareix citat a mitjan s IX. Destruït per Almansor, fou començat a reconstruir el 1022 i consagrat el 1098; d’aquest moment són la cripta, de planta quadrada, i quatre naus separades per fileres de columnes amb capitells de grans dimensions, i la capçalera de l’església. És del s XII la nau principal, així com la Capella dels Reis, amb els sepulcres dels reis de Navarra. El 1239 el monestir passà a mans dels cistercencs, i fou acabat en estil gòtic cistercenc. A causa de la desamortització el monestir fou abandonat, i no tornà a ésser habitat fins el 1954, que hi tornaren els benedictins procedents de Santo Domingo de Silos.