Vers el 940 s’hi aplegaren un grup de monjos amb les relíquies d’Urbici, sant venerat a Aragó, probablement fugint de l’ocupació àrab, procedència, a més, confirmada per la vigència a la comunitat de la regla dels Sants Pares o codex regularum fins al segle X. A partir del 977 els comtes de Cerdanya-Besalú el prengueren sota la seva protecció i confirmaren Froilà com abat (977-993). Amb 13 monjos, aquests anys l’abadia era ben afermada. Noves donacions dels comtes Oliba Cabreta, muller i fills, entre ells Oliba, el futur bisbe i abat de Ripoll i Cuixà, i de nobles del veïnat ampliaren el seu patrimoni amb grans possessions a Serrateix, Viver, Navel, Avià, Casserres, Castelladral i Puig-reig i a Soriguerola i en altres llocs veïns de Cerdanya. Hom començà una nova església el 1077, consagrada el 1126. En 1192-1320 el monestir tingué els moments més baixos, amb només sis monjos i el claustre i el cloquer destruïts. El redreçament fou impulsat per l’abat Berenguer de Lluçà i l’ajuda reial. Llevat del període 1469-1563, que fou regida per abats comendataris, pertangué a la Congregació Claustral, gaudia d’elecció lliure d’abat i depenia del bisbe d’Urgell. Malgrat l’estancament, als darrers segles s’efectuaren grans obres al monestir. L’últim abat fou Josep de Jordana i d’Areng (1829-35). Fins vers el 1870 hi restaren cinc monjos com a exclaustrats.
En resta la gran església monàstica (1077-1126), mutilada per un creuer tardà i amb la cripta cegada, on es guardà el cos d’Urbici i dels màrtirs Víctor, Zenó i Felícola i es convertí en un centre d’atracció de la pietat popular. Aquesta església fou del tot transformada en el seu interior amb gust neoclàssic entre el 1798 i el 1827. El campanar fou refet entre el 1349 i el 1373. El claustre també és neoclàssic i fou acabat el 1793 per Josep Torrevedella, de Casserres.