El 1561 els jurats de Palma donaren escoles i capella als jesuïtes per a llur instal·lació. L’Estudi General, traslladat a un altre edifici, hagué de sofrir la competència del col·legi dels jesuïtes, que es dedicaren intensament a la formació i captació de la noblesa i tingueren una època d’esplendor, especialment al s XVII. Amb l’expulsió dels jesuïtes, el 1767, el col·legi fou ocupat per la Universitat del 1769 al 1816, i novament del 1820 al 1824. Dissolta de nou la Companyia el 1835, fou ocupat el col·legi per l’Institut Balear (1837-1916) i per la Biblioteca Pública (1835-55). Els jesuïtes hi tornaren el 1919, llevat d’un lapse del 1932 al 1936.