Fou creat l’any 1952 i instal·lat a les mateixes dependències municipals. L’any 1983 les col·leccions es traslladaren a l’antic hospital, seu de la casa de cultura. Després d’un important impuls a la recerca arqueològica i sota el patronatge d’un consorci presidit per l’alcalde de Guissona, el museu fou refundat i inaugurat de nou al novembre del 2000. Exposa les restes arqueològiques de la Guissona romana, Iesso, amb l’objectiu de donar a conèixer les formes de vida dels habitants de la zona fa 2.000 anys, i des del 2011 fa les funcions de centre d’interpretació de l’annexe Parc Arqueològic de la ciutat romana de Iesso, també inaugurat el mateix any. Són 2 ha de jaciment amb restes que mostren la importància d’aquest assentament fundat prop de l’any 100 aC.