Concentra part del patrimoni prehistòric i històric de la ciutat, amb importants col·leccions neolítiques, iberes, romanes, visigodes i musulmanes. Equipat amb moderns sistemes audiovisuals i interactius, exposa prop d’un miler d’objectes del patrimoni il·licità. Fou creat a partir d’una profunda transformació de l’antic Museu Arqueològic Municipal, que durant més de quaranta anys s’havia dedicat a promoure la conservació, la investigació i la difusió de l’arqueologia de la zona. La inauguració del museu comportà el retorn temporal de la Dama d’Elx , l’obra més important de la cultura ibèrica a la península, que li fou cedida per sis mesos pel Museu Arqueològic Nacional de Madrid.