Inaugurat al maig de 1997, tingué la seu al palau Nadal del carrer de Montcada. Fou creat com a resultat d’un conveni de col·laboració entre el consistori i el col·leccionista suís Jean Paul Barbier. Mostrava una destacada col·lecció d’escultures, ceràmiques, teixits i objectes rituals de les civilitzacions americanes anteriors a la conquesta hispànica. L’any 2006 remodelà la seva exposició estable amb el títol “Arts rituals del nou continent. Amèrica precolombina” i oferia una destacada selecció de les col·leccions cedides pel Museu Barbier-Müeller de Ginebra (Suïssa) a l’ajuntament de Barcelona, amb objectes de pedra, ceràmica, fusta, metall i teixits de les antigues cultures americanes. Des del 1999 organitzà exposicions temàtiques. Les associacions d’amics del museu de les seus de Ginebra i Barcelona publicaven conjuntament des del 2004 una revista anual especialitzada, Arts &Cultures
. Al setembre de 2012 el museu tancà les portes en no assolir-se un acord entre el patrocinador privat i l’ajuntament de Barcelona que en garantís la continuïtat.