En foren els impulsors i fundadors els pintors Pierre Brune i Frank Burty Haviland, a partir d’un important fons d’obra d’artistes contemporanis, molts d’ells amics seus, alguns dels quals havien fet estades a la vila: Pablo Picasso, Georges Braque, Juan Gris, Manolo Hugué, Marc Chagall i Pau Gargallo, entre d’altres. Brune en fou conservador des dels inicis fins a la mort, i el succeí Burty fins el 1961. El desembre del 1993 s’inaugurà una remodelació total del museu a partir d’un ambiciós projecte dels arquitectes Jaume Freixas i Philippe Pous, que comportà que tripliqués la seva superfície. A l’inici del segle XXI, les col·leccions constaven d’un fons de més de 3.000 peces entre donacions i adquisicions, que van del cubisme i les avantguardes del principi del segle XX a l’art de la segona meitat del segle XX (escola de París, nou realisme, support-surface, etc.) i de les primeres dècades del segle XXI. Dedica una atenció considerable a l’art català (Tom Carr, Riera i Aragó, Tàpies, Perejaume, Claret Serrahima, etc.). L’any 2000 celebrà el cinquantenari amb una exposició antològica de Chaïm Soutine. El 2004 canvià d’estatut legal: de museu municipal passà a la categoria d’establiment públic de cooperació cultural, gestionat per l’Ajuntament de Ceret, el Consell General dels Pirineus Orientals i la Regió Llenguadoc-Rosselló (des del 2016 Occitània). L’any 2019 Josefina Matamoros, conservadora del museu del 1986 al 2011, rebé el Premi Nacional de Cultura del CoNCA per la difusió de l’art català d’avantguarda a la Catalunya del Nord.