Presenta el seu fons dividit en cinc àmbits, en els quals es repassa la història de la pesca de l’anxova a la vila i el procés tradicional de preparació de l’anxova salada, els processos d’extracció i utilització de la sal, els sistemes antics de pesca de l’anxova i la seva evolució, des de la teranyina a la pesca motoritzada d’encerclament, i la subhasta i el procés de salaó de l’anxova. Disposa d’un espai per a exposicions temporals i una sala d’audiovisuals. Organitza rutes culturals per a difondre el patrimoni local, centrades en la història de la pesca i la salaó, la pirateria i el contraban i la defensa de la costa, i, en altres àmbits, el barri vell a través de la literatura de Caterina Albert i la fixació de les dunes d’Empúries.