Té l’origen en les col·leccions d’art del fundador (s XVI), enriquides per importants donacions posteriors. Fou obert al públic el 1953. Destaquen les taules renaixentistes de Vicent Joan Macip i un tapís sobre dibuix de Pere de Campaña. De la col·lecció del patriarca tenen especial interès les obres del Greco i de Luis de Morales. El tríptic de la Passió, de Dirk Bouts, té una vàlua artística excepcional. El museu reuneix un importantíssim conjunt de pintura renaixentista i barroca.