Té la seu als antics Magatzems Generals del Port de Barcelona (1901), coneguts altrament per Palau de Mar i projectats per Elies Rogent i Amat. L’exposició permanent, que dóna una visió panoràmica de la història de Catalunya, és ordenada en nou seccions: del Paleolític a la dominació islàmica, la formació de Catalunya com a nació (segles IX-XIII), l’expansió mediterrània (1213-1516), Catalunya com a perifèria de l’imperi dels Àustria (1516-1714), el redreç del segle XVIII, la industrialització (segle XIX), el segle XX fins els anys trenta, del franquisme al 1980 i, finalment, una secció sobre perspectives de futur. Conté peces originals i també maquetes, simulacions, etc., i la intenció didàctica és palesa en l’orientació interactiva dels conjunts exposats. Destaquen també l’espai dedicat a les exposicions temporals, l’auditori, la biblioteca i la mediateca, secció amb documentació sobre la història de Catalunya en suports diversos i un servei de consulta automatitzada. Amb l’objectiu d’enfortir la identificació dels ciutadans amb la història nacional, el museu duu a terme una àmplia programació d’exposicions temporals i activitats diverses relacionades amb la història catalana. L’any 2004 la Generalitat de Catalunya traspassà al Museu d’Història de Catalunya la seva Oficina de Gestió de Monuments, amb la qual cosa aquest centre museístic assumí la gestió de destacats conjunts patrimonials: el castell i la canònica de Sant Vicenç de Cardona, la Casa Museu Prat de la Riba, la capella de Santa Àgata de Barcelona, la torre de la Manresana dels Prats de Rei, el Palau Moja de Barcelona, la Casa Rafael Casanova de Moià, la canònica de Santa Maria de Vilabertran, el monestir de Sant Pere de Rodes, la Seu Vella de Lleida, el convent de Sant Bartomeu de Bellpuig, la cartoixa d’Escaladei, el castell de Miravet, el monestir d’Escornalbou i el monestir de Santes Creus. El traspàs es féu amb l’objectiu de millorar el manteniment, la visita i la divulgació cultural dels monuments. El 2006 celebrà el seu desè aniversari havent assolit prop de tres milions de visitants. El 2008 inaugurà l’ampliació de l’exposició permanent dedicada a l’evolució recent de la societat catalana, que parteix més del material audiovisual i la interactivitat que no pas de l’objecte històric. Porta per títol “Catalunya.cat: Un retrat de la Catalunya contemporània, 1980-2007”. Ha estat dirigit des de la seva fundació per Josep Maria Solé i Sabaté i Jaume Sobrequés i Callicó (2000), al qual substituí Agustí Alcoberro i Pericay (2008-14). Des del 2014 n'és el director Jusèp Boya.