El dipòsit, donat a l’ajuntament de València, fou instal·lat i catalogat per Eduard Boscà i Casanoves (1843-1924), que hi afegí troballes seves. Muntat a l’edifici de l’antic almodí (s XIII, reconstruït el 1517), exposa més de vuitanta espècies, entre les quals un megateri incomplet. El 1991 el museu es traslladà als baixos de l’ajuntament de València, i el 1999 quedà inclòs com a exposició permanent del Museu de Ciències Naturals, situat als jardins de Viveros de València.