Els seus fons procedeixen de donacions particulars, d’excavacions arqueològiques i de la col·lecció de fauna i flora que reuní l’apotecari Llorenç Garcías i Font, un dels fundadors. El fons consta de tres seccions diferenciades: etnologia, història natural i arqueologia. El 2006 s’inaugurà la remodelació del museu, després d’un llarg procés de renovació museogràfica. El nou muntatge fa un recorregut didàctic per la prehistòria i la història del poble d’Artà.