Té una superfície de 9 700 km2, una profunditat mitjana de 30 m i una màxima de 127 m; el volum a nivell mitjà és de 292 km3. És situat en una conca tectònica, transformada pel glacialisme. El litoral del N i del NW és elevat i compost per roques cristal·lines (granit i gneis), mentre que al S és baix i pla, de sorra i sovint pantanós. En el llac Onega hi ha 1 369 illes, amb una superfície total de 250 km2. A l’Onega desemboquen 58 rius, els principals dels quals són el Šuja, Suna, Vodla i Vytegra; hi neix el riu Svir’. És unit al Volga i a les mars Bàltica i Blanca per canals. Té una gran importància per al transport. Les ciutats principals situades a la seva vora són Petrozavodsk, Kondopoga i Medvežjegorsk.