La introducció d’OMG al medi pot suposar un problema ecològic si la forma modificada desplaça la forma natural; fins i tot poden donar-se processos de transferència lateral entre espècies properes. El 2003 la Unió Europea establí una normativa, que entrà en vigor el 2004, segons la qual s’estableix l’etiquetatge obligatori dels OMG.
L’objectiu general de les modificacions genètiques és conferir als organismes seleccionats característiques que es consideren d’interès. Dins d’aquest objectiu general, la utilitat actual dels organismes genèticament modificats s’organitza al voltant de quatre grans camps: recerca bàsica, salut, ecologia i alimentació.
En el camp de la recerca bàsica són especialment útils per a estudiar el mecanisme de funcionament dels gens; el tipus d’organisme que es modifica depèn de quin problema s’investiga i de quin gen es vol analitzar, però, en general, es fan servir animals, bàsicament ratolins, mosques de la fruita i nematodes, també plantes com la de la mostassa i la del tabac, llevats i bacteris.
Dins del camp de la salut, un dels objectius més freqüents és construir models animals de malalties genètiques que afecten les persones, per tal d’estudiar-ne l’origen i el desenvolupament i poder assajar noves teràpies i fàrmacs. Les estirps de ratolins transgènics generats amb finalitats biomèdiques es compten per milers. També s’utilitzen per a produir fàrmacs, bàsicament en bacteris, llevats i altres cèl·lules en cultiu, però també s’està experimentant amb animals i plantes productors de substàncies farmacològiques. Actualment ja es disposa de diverses dotzenes de productes farmacològics i vacunes obtinguts en microorganismes, com ara diversos factors de coagulació, insulina, vacunes contra l’hepatitis A i B, interferó per a combatre infeccions víriques, productes anticancerígens i un llarg etcètera d’altres medicaments. El febrer del 2009, l’agència americana d’alimentació i medicaments Food and Drug Administration (FDA) aprovà el primer fàrmac obtingut a partir de la llet d’una estirp de cabra transgènica, el primer que s’autoritza obtingut en mamífers.
Respecte a l’ecologia, s’està assajant amb diversos organismes que poden actuar com a bioreparadors, com per exemple bacteris modificats per a segrestar materials tòxics com ara metalls pesants, o bé per a degradar-los amb més eficiència, com hidrocarburs.
Finalment, en alimentació, els organismes modificats genèticament més utilitzats són els microorganismes, malgrat que els més controvertits siguin les plantes. El principal avantatge que aquests tenen és que, gràcies a una producció més eficient, permeten obtenir grans quantitats d’additius i enzims que s’utilitzen àmpliament en alimentació a uns preus molt ajustats, la qual cosa repercuteix en el marge de beneficis del productor i en el cost final del producte que en paga el consumidor. El 60% dels formatges que es produeixen actualment utilitzen enzims procedents de microorganismes genèticament modificats. Pel que fa a les plantes transgèniques, la majoria de les que es conreen actualment contenen gens que els confereixen resistència a plagues i herbicides, unes característiques que contribueixen a augmentar el rendiment de les collites. També s’han millorat les qualitats nutritives d’alguns aliments bàsics, com és el cas de l’arròs daurat, productor de la provitamina A. A escala mundial, hi ha més de 100 milions d’hectàrees conreades amb aquestes varietats, repartides en 22 estats. A l’Estat espanyol es conreen 100.000 ha de blat de moro protegit contra l’eruga de la barrina, 18.000 de les quals són a Catalunya (el 40% de la producció catalana d’aquesta planta), bàsicament són al Segrià, la Noguera, l’Alt Empordà, l’Urgell, el Baix Empordà i les Garrigues. Aquest blat de moro s’utilitza en la confecció de pinsos animals. Es calcula que el 99% dels pinsos que es fan servir a Catalunya contenen blat de moro genèticament modificat i soja genèticament modificada procedent d’altres països. La legislació actual de la Unió Europea permet que els aliments puguin contenir qualsevol quantitat de productes derivats procedents de plantes genèticament modificades, sempre que l’etiqueta ho especifiqui, o fins a un límit del 0,9% si no s’especifica. Malgrat que hi ha qui en qüestiona la seguretat, cap prova científica indica que els aliments procedents d’organismes genèticament modificats són menys segurs que els convencionals. Igualment, tots els estudis científics de camp indiquen que si es respecten els marges entre els camps, o bé si se sembren les llavors en setmanes diferents, la presència de pol·len transgènic als camps veïns és inferior al llindar legal, la qual cosa indica que la coexistència entre les diverses formes agràries és possible.