De família sudet, en la seva joventut arrencà sense èxit diversos negocis. L’any 1935 s’uní al Partit dels Sudets, per a la defensa dels alemanys a Txecoslovàquia, inicialment partidari de la sobirania d’aquest Estat però que després donà suport a l’annexió al Tercer Reich. Descobert com a espia al servei de l’almirall Wilhelm Canaris, fou empresonat pel Govern txecoslovac. Després de l’acord de Munic i l’annexió de Txecoslovàquia, l’any 1939 s’afilià al Partit Nazi. La invasió de Polònia li donà ocasió d’emparar-se d’una fàbrica d’aparells metàl·lics de Cracòvia amb la qual, gràcies al treball forçat de prop d’un miler de jueus, obtingué una considerable fortuna.
L’any 1943, després de presenciar diversos assassinats d’aquests treballadors durant l’evacuació del gueto de la ciutat, subornà Amon Goth, comandant del veí camp de concentració de Plaszow, i n'evità la deportació de prop de 900, que passaren a treballar a la seva fàbrica. L’any següent, amb l’avenç dels aliats aquest camp fou evacuat i els seus interns traslladats a Auschwitz. Un nou suborn de Schindler impedí la deportació d’uns 1.200 jueus més, que passaren a treballar a una fàbrica d’armament de la seva propietat a Brnĕnec (Moràvia) fins que foren alliberats per les forces soviètiques el 1945.
Després de la guerra fugí a l’Argentina. Tornà a Alemanya l’any 1958 i, després de diversos negocis frustrats, morí en la pobresa. Segons pròpia voluntat, fou enterrat a Jerusalem, i a la seva tomba es gravà la inscripció Just entre les Nacions, un títol honorífic de l’Estat d’Israel als gentils que havien salvat jueus de l'Holocaust. L’escriptor australià Thomas Kenneally publicà l’any 1982 la novel·la Schindler's Ark, sobre la qual es basà la pel·lícula de Steven Spielberg, Schindler's List (1993), que guanyà set Oscars. L’any 2004 hom publicà una biografia de Schindler en què es qüestionava la seva actuació.