Fill del cinquè duc de Sogorb i sisè de Cardona, Enric d’Aragó. Format a Salamanca, on ocupà la càtedra d’institucions canòniques (1649), des del 1647 fou canonge de Toledo i ardiaca de Talavera. El 1651 fou promotor fiscal de la inquisició, i, dos anys després, regent de Catalunya al consell d’Aragó. Ordenat sacerdot (1655), fou creat cardenal de la corona (1660), i a Roma hagué d’intervenir en l’enfrontament entre Lluís XIV i el papa, per la qüestió de la immunitat diplomàtica. Nomenat virrei de Nàpols (1664-66), bé que interí, procurà de refer la ciutat de la passada revolta de Tommaso Aniello. El 1665 fou nomenat inquisidor general d’Espanya, i, un any més tard, arquebisbe de Toledo (1666-77), on dedicà especial atenció a les monges i als pobres vergonyants i procurà la difusió del catecisme i les missions populars. Del 1667 fins a la seva mort es veié implicat en les qüestions de Johann Eberhard Nithard, a qui ell mateix comunicà l’ordre de sortir de Madrid, i en les de Joan Josep d’Àustria i el privat Valenzuela, als quals hagué de fer cara en nom de la reina Marianna. Es retirà a Aranjuez. Fou conegut també amb el nom de Pasqual Fernández de Córdoba i Aragó.