Es formà al seminari de Barcelona (1861). El 1866 ingressà a la Companyia de Jesús. Després de passar per dos breus estances a França (1868 i 1870), retornà a Catalunya, on estudià teologia a Banyoles i després fou ordenat de sacerdot, el 1871. Enviat a les Filipines (1875-93), on treballà a Mindanao, tornà -malalt— després de d’haver estat superior de tota la missió (1876-93). Es dedicà a la publicació de documents històrics sobre les missions d’Amèrica i de les Filipines. La Companyia General de Tabacs de Filipines li encomanà la recollida a Sevilla de la documentació històrica referida a aquell arxipèleg, tasca en la qual reuní un Catálogo de los documentos relativos a las Islas Filipinas (en nou volums). Més tard, el 1905, el superior general de l’orde li encarregà recollir informació documental sobre les missions americanes per a l’historiador Astrain. Instal·lat a Sevilla, arribà a tenir dotze copistes a l’Arxiu General d’Índies, i també reuní nombrosa documentació amb el títol Historia de la Compañía de Jesús en la provincia del Paraguay (cinc volums, 1912-33), de la qual preparà 4 volums més. Treballà en aquest projecte fins que la nova dissolució de l’orde a Espanya (1932) el forçà a retirar-se a Tortosa, on morí poc després. Sense haver estat a Amèrica, el seu llegat documental, verament enorme, en fa una figura cabdal per al coneixement de l’acció jesuïtica en aquell continent. Conjuntament amb l’anomenada Col·lecció Pastells, conservada a Sant Cugat del Vallès, de tema filipí, cal afegir el gran recull americanista: els cinc volums que publicà de l’inventari dels jesuïtes a la provincia del Paraguai (Argentina, Uruguay, Perú, Bolivia y Brasil) foren completats per F. Mateos amb quatre més (Madrid, 1946-49), tres dels quals ja havia deixat personalment molt avançats. El conjunt de la Col·lecció Pastells de tema americà, conservada a la Casa d’Escriptors Jesuïtes d’Espanya (Madrid), està formada per 164 volums de còpies (i 24 índexs in folio) i 154 quaderns més petits d’extractes de documents sobre les províncies jesuítiques d’Índies. També estudià, l’expulsió dels jesuïtes d’Amèrica en temps de Carles III d’Espanya.