El 1568 decidí de retirar-se a fer penitència i visità el santuari de la Cova Santa d’Altura (Alt Palància) i la cartoixa de Valldecrist, on fou acollit com a penitent i li fou assignada una ermita. El 1585 intervingué en la fundació de la cartoixa d’Aracristi. El patriarca Juan de Ribera se l’endugué al seu palau el 1602, on continuà tanmateix portant vida retirada. Fou enterrat a l’església del Corpus Christi de València, on recorden el seu nom una làpida sepulcral i una pintura de la capella de Santa Maria de l’Antiga.