Fill del musicòleg i compositor Charles Seeger, aprengué de molt jove a tocar la guitarra, el banjo i altres instruments emprats en la música popular. Després d’estudis inacabats de periodisme a Harvard, els anys trenta començà a cantar professionalment a les escoles. Fou deixeble dels cantants Alan Lomax, Woody Guthrie, amb el qual fundà el 1940 el grup Almanac Singers, i de l’intèrpret de blues Lead Belly. Mobilitzat durant la Segona Guerra Mundial, després d’aquest conflicte fundà els grups People’s Songs Inc i, més endavant, The Weavers, amb el qual difongué moltes cançons del repertori de la cançó popular nord-americana i d’arreu del món, i molt aviat es consolidà com una de les principals figures de la cançó de protesta.
Fou investigat i condemnat (1957-61) pel Comitè d’Activitats Antiamericanes i vetat durant anys a la televisió per les seves simpaties pel comunisme. Identificat amb les causes de l’esquerra, els anys cinquanta feu costat en concerts i enregistraments al moviment sindical, i a la dècada següent se significà en la defensa dels drets civils i contra la guerra del Vietnam. Posteriorment posà l’accent en la defensa del medi ambient, en el pacifisme i en les desigualtats socials en general, i donà suport públic a alguns candidats demòcrates a la presidència dels Estats Units. Musicalment, adoptà com a vehicle el folk-song nord-americà, del qual tenia un coneixement molt profund i al qual donà un caràcter eminentment reivindicatiu. En fou també el principal difusor arreu del món a través de concerts, àlbums i iniciatives com el festival de Newport, del qual fou un dels fundadors (1959). Algunes de les cançons del seu repertori (tant les de creació pròpia, com d’altres autors) esdevingueren famoses internacionalment gràcies a la seva interpretació (If I Had a Hammer, Turn! Turn! Turn!, We Shall Overcome, Where Have All the Flowers Gone, etc.).
La seva influència, més enllà de l’herència folk estricta, ha estat determinant en alguns dels cantants i intèrprets més importants de la música popular actual, com Joan Baez, Bob Dylan i Bruce Springsteen. Als Països Catalans, tingué una gran influència en la Nova Cançó, especialment en Raimon (amb el qual feu un concert al Palau de la Música Catalana el 1993) i en Xesco Boix. Actuà a Barcelona diverses vegades i, el 1962, musicà i interpretà I Want to Go to Andorra, dedicada a l’Estat pirinenc sense exèrcit. Inclòs al Songwritwers Hall of Fame (1972), la major part dels reconeixements no li arribaren fins a una edat molt avançada. Rebé quatre premis Grammy: a la trajectòria (1993), al millor disc de folk per Pete (1997) i At 89 (2009), i al millor disc per a infants per Tomorrow’s Children (2011). El 1994 rebé la Medalla Nacional de les Arts del govern dels Estats Units i el 1999 l’orde Félix Varela, la principal distinció cultural del govern cubà.