La Phobos-1 fou llançada el 7 de juliol i la Phobos-2 cinc dies després. Una errada en el comandament informàtic de la primera provocà que situés malament els panells solars i l’antena, amb la qual cosa la comunicació es perdé i hom no pogué realitzar observacions, però obtingué imatges en raigs X de la corona solar. La Phobos-2 s’acostà fins a 50 m de la superfície del satèl·lit natural Fobos, del qual obtingué imatges d’alta resolució. Arribà a l’òrbita de Mart el gener del 1989 i féu mesures del seu camp magnètic abans que hom en perdés el contacte.