Combaté la intolerància en matèria religiosa i les disputes teològiques o filosòfiques, que veia inútils. El seu Dictionnaire historique et critique (1695-97) és considerat un precedent de la crítica històrica de l'Encyclopédie. El pensament de Bayle ha estat interpretat molt diversament, des d’un escepticisme pur i simple fins a un fideisme racional basat en determinades veritats fonamentals de les quals hom no podria dubtar. El Dictionnaire aconseguí deu edicions abans del 1760.