Fundat per la UNESCO, el Comitè Científic per als Problemes del Medi Ambient (SCOPE) i la Unió Internacional de Ciències Biològiques (IUBS), el 1996 s’hi uniren dos nous patrocinadors, el Consell Internacional per a la Ciència (ICSU) i la Unió Internacional de Societats Microbiològiques (IUMS). El 2001 començà la segona fase del programa, de la qual en resultà un pla científic (publicat el 2002) que assenyalava tres àrees de treball: descobrir la biodiversitat i predir-ne els canvis, estimar l’impacte dels canvis de biodiversitat en el funcionament dels l’ecosistemes i desenvolupar la ciència de la conservació i l’ús sostenible de la biodiversitat. L’activitat del programa partia d’un enfocament integral de la ciència de la biodiversitat i, a través dels seus comitès nacionals i de la col·laboració amb diferents organitzacions, mirà de donar suport a totes les accions i els projectes de recerca sobre biodiversitat. Al febrer del 2009, el comitè espanyol del programa convocà el segon congrés nacional de biodiversitat, a Blanes, per a analitzar l’estat dels estudis de biodiversitat a Espanya, com a continuació del primer, celebrat el 2007 a Segòvia.