La funció del Protectorat es realitza mitjançant una vigilància o un control sobre els òrgans de govern i la direcció de la persona jurídica, amb la finalitat de fiscalitzar si les activitats s’orienten al compliment dels interessos generals de la fundació. El Protectorat s’exerceix a través de dues unitats: la Unitat de Registre, que té a càrrec seu el Registre de Fundacions de la Generalitat, per a la tramitació dels expedients, i la Unitat de Control, encarregada d’altres funcions de vigilància de l’actuació de les fundacions. Entre les funcions del Protectorat destaquen les següents: portar al Registre de Fundacions les escriptures de constitució de les fundacions, comprovar i exigir el compliment de les finalitats funcionals i les obligacions legals, concedir o negar les autoritzacions i aprovacions i suplir els òrgans de govern de les fundacions que calgui.