Les excavacions practicades per R. de Vaux i L. Harding (des del 1951) donaren com a resultat la cronologia següent: una primera ocupació del lloc (s. VIII-VII aC) que cal potser identificar amb la Ciutat de la Sal del llibre de Josuè; primera ocupació comunitària (150-135 aC) amb engrandiment dels edificis (135-131 aC), probablement per raó de l’augment de la comunitat, i abandonament del lloc (31 aC) per causa d’un incendi o d’un terratrèmol; nova ocupació comunitària (1-60), destrucció per les tropes de Vespasià (68) durant la primera revolta jueva i ocupació per tropes romanes (68-73).
Més tard (132-135), els edificis foren emprats pels insurrectes de la segona revolta jueva. L’establiment comprenia un gran refetor, una sala d’escriptori, un taller de tintoreria, dos forns de ceràmica, magatzems (probablement relacionats amb la granja comunitària d’Ayn Fašḥa, descoberta 1 km al S de Qumrān), i una torre de defensa. Un aqüeducte a flor de terra conduïa les aigües del torrent veí a diverses cisternes, destinades unes a l’aprovisionament dels habitants i altres a llurs ablucions rituals.
La vall de Qumrān (a la muntanya s’aprecia l’obertura d’una cova)
CC0
Al voltant de les ruïnes han estat descoberts quatre cementiris, el més gran dels quals és de 1.100 tombes, totes amb esquelets masculins i orientades. A partir del 1947 han estat descoberts casualment tot de manuscrits dins les coves dels voltants. Els anomenats rotlles de Qumrān o manuscrits de la mar Morta (probablement la biblioteca de la comunitat) contenen no sols els manuscrits més antics de la Bíblia coneguts fins ara, sinó també les regles de la comunitat (Manual de disciplina), salms, comentaris bíblics, literatura apòcrifa i apocalíptica (Guerra dels fills de la Llum contra els fills de les Tenebres) i d’altres obres.
De caràcter sectari, esotèric i escatològic, aquesta literatura revela una mentalitat semblant a la de certs apòcrifs de l'Antic Testament i afinitats amb alguns llibres del Nou Testament. Escrits la majoria en hebreu, n'hi ha també en arameu i en grec. Un personatge central que hi figura, el Mestre de Justícia, probable fundador de la secta, ha estat comparat amb Jesús respecte a l’Església, però sense cap caràcter messiànic.
La pretesa identificació de petits fragments grecs amb algunes frases del Nou Testament no ha estat acceptada generalment pel món científic. El 1992, les autoritats d’Israel arribaren a un acord amb l’editorial holandesa E.J. Brill per a la realització de la primera edició facsímil mundial dels manuscrits de la Mar Morta. Posteriorment, Google digitalitzà els documents, que l’any 2011 esdevingueren consultables a través del portal d’internet del Museu d’Israel. L'any 2015 hom hi descobrí fragments de la versió més antiga del Llibre de les lamentacions, datada entre el 30 aC i el 70 dC.