Fill d’un governador de la província de Cebu, on la seva família té lligams amb les elits locals, després d’obtenir el títol d’advocat (1972), feu carrera en la judicatura fins a arribar a fiscal del districte de Davao (Mindanao). El 1988 fou elegit alcalde de la ciutat, on posà en pràctica una política de mà dura contra el crim, el narcotràfic i la corrupció. Malgrat haver estat qualificades de brutals, les mesures li aportaren una gran popularitat, en ser considerades efectives per garantir la pau i l’ordre: després dels primers dos mandats (1988-98), fou reelegit per al període 2001-10 i 2013-16. En ambdós fou succeït per la seva filla Sara Duterte. El 1998 obtingué l’escó del districte de Davao (1998-2001) al Parlament filipí.
Guanyà clarament les eleccions presidencials del maig del 2016 i el 30 de juny succeí Benigno Aquino. Aplicà mesures d’ordre públic a escala estatal similars a les de la seva etapa com a alcalde de Davao, i durant el seu mandat unes 6.000 persones, segons fonts oficials i unes 30.000 segons organitzacions no governamentals, foren executades extrajudicialment per ser sospitosos de narcotràfic, actes criminals i delinqüència. A les crítiques de l’ONU, que el 18 d’agost de 2016 l’acusava de violació de drets humans i del principi de presumpció d’innocència, respongué amb declaracions desafiants, entre d’altres un insult al president Obama (que s’havia afegit a les crítiques), el qual cancel·là una cimera amb ell. L’any 2019 el TPI inicià una investigació per aquestes execucions, i Duterte retirà Filipines d’aquest organisme per evitar ser investigat. En política interior, també fou polèmica la seva autorització a traslladar el cos embalsamat del dictador Ferdinand Marcos al cementiri dels herois de Manila. En política internacional, malgrat el conflicte del mar de la Xina Meridional, maldà per millorar les relacions amb la Xina, en contrast amb els episodis de tensió amb l’aliat tradicional de les Filipines, els Estats Units.
No es presentà de nou a les eleccions presidencials del 2022 i es retirà de la vida política. L’11 de març de 2025 fou detingut per ordre del TPI a l’aeroport Internacional de Manila, acusat de crims contra la humanitat.