Fill d’Agustí Bartra i Anna Murià, estudià antropologia a la Universidad Nacional Autónoma de México, on es graduà el 1967, i es doctorà el 1974 a la Universitat de la Sorbona de París. Des del 1971 ha desenvolupat la seva carrera acadèmica a la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), on fou nomenat doctor honoris causa el 2015, i ha estat professor visitant en diverses universitats dels Estats Units.
Inicialment investigà qüestions relacionades amb les societats rurals mexicanes i posteriorment ha dut a terme recerques sobre les condicions culturals del poder polític, especialment entorn de la identitat mexicana, i de les idees de salvatgisme, civilització i malenconia en la cultura europea.
Ha publicat, entre altres obres, Breve diccionario de sociología marxista (1973), Las redes imaginarias del poder político (1981, editat el 1998 en català), La democracia ausente (1986), La jaula de la melancolía (1987), El salvaje en el espejo (1992), El salvaje artificial (1997), El siglo de oro de la melancolía (1998), El duelo de los ángeles (2004), Culturas líquidas en la tierra baldía (2006), Antropología del cerebro. La conciencia y los sistemas simbólicos (2006), Fango sobre la democracia. Textos polémicos sobre la transición mexicana (2007), Territorios del terror y la otredad. Ensayos de cultura política (2007), La fractura mexicana: izquierda y derecha en la transición mexicana (2009), La sombra del futuro. Reflexiones sobre la transición mexicana (2012), Cerebro y libertad. Ensayo sobre el determinismo, la moral y el juego (2013), Digitalizados y apantallados (2014), La melancolía moderna (2017), Los salvajes en el cine. Notas sobre un mito en movimiento (2018), Chamanes y robots (2019), Regreso a la jaula (2021), Mutaciones. Autobiografía intelectual (2023), El mito del hombre lobo (2023), Ecos de la melancolía (2024) i El oficio de ser extranjero (2026).
Membre de número de l’Academia Mexicana de la Lengua (2014), des d’aquest any és investigador emèrit del Sistema Nacional de Investigadores. Ha estat guardonat amb el Premio Nacional de Ciencias y Artes de Mèxic en l’àrea d’Història, Ciències Socials i Filosofia (2013).