Fill d’un aiatol·là, sostingué el règim de Mosaddeq (1951-53). Cap xiïta de l’Iran (1962), el mateix any s’instal·là a Qom, on criticà el sistema del xa. Deportat per aquest a Turquia (1964), més tard passà a l’Iraq (1965) i França (1978). Des de l’exili conspirà contra la monarquia i fou la figura principal del moviment que la feu caure (1979). El mateix any instaurà a l’Iran la República Islàmica, règim teocràtic que perseguí tota oposició interna, especialment a partir del 1984, que el Partit Republicà Islàmic dominà totalment el parlament. Khomeyni maldà posteriorment per estendre la revolució islàmica a altres països musulmans, i la seva confrontació directa amb Occident portà a considerar el règim encapçalat per ell com a principal suport del terrorisme internacional, motiu pel qual l’Iran fou sotmès a un embargament que, juntament amb la guerra contra l’Iraq (1980-88), n'agreujà la situació. El 1989 dictà la condemna a mort de l’escriptor Salman Rushdie.