Des del 1951 formà part de l’escoltisme, un fet important en la seva trajectòria vital, i amb 17 anys ingressà al Seminari de Girona. El 1966 fou ordenat sacerdot i exercí com a capellà a Cassà de la Selva. El 1967 fou nomenat professor i educador del Col·legi Diocesà del Collell. Després, l’any 1969, exercí de responsable pedagògic del Col·legi Menor Bisbe Cartañà de Girona. Posteriorment, fou nomenat consiliari de la Delegació Diocesana d’Escoltisme de Girona. El 1972 estudià Pedagogia a la Universitat Pontifícia Salesiana de Roma.
El 1973 demanà la secularització i tornà a Girona, on estudià ciències de l’educació al Col·legi Universitari de Girona, dependent de la Universitat Autònoma de Barcelona. Es llicencià el 1978 amb una tesina basada en la transcripció i estudi d’un segon volum inèdit de les Instruccions per a l’ensenyança de minyons (1749) de mossèn Baldiri Reixac, localitzat al Seminari Diocesà. Aquell mateix any guanyà una plaça d’ajudant al Departament de Ciències de l’Educació de la Universitat Autònoma de Barcelona. El 1981 es doctorà amb la tesi L’ensenyament a Girona al segle XVIII (1985).
Tingué un paper determinant en la posada en marxa de la Universitat de Girona (1991), on desenvolupà la major part de la seva trajectòria acadèmica —catedràtic d’història de l’educació— i contribuí decisivament a la consolidació dels estudis de ciències de l’educació. Entre el 1991 i el 1994 fou el primer degà de la Facultat de Ciències de l’Educació, càrrec des del qual impulsà l’organització dels nous ensenyaments de pedagogia i magisteri. El curs 2006-07 fou nomenat professor emèrit.
La seva recerca se centrà en la història de l’educació contemporània, amb una atenció especial a la renovació pedagògica, la Segona República, la repressió franquista sobre el magisteri i l’exili dels mestres republicans. Les seves investigacions contribuïren a recuperar la memòria de nombrosos docents represaliats i esdevingueren una aportació de referència en aquest camp. Creà el Fons del Magisteri Exiliat de Catalunya, format per centenars de dossiers de docents que hagueren d’exiliar-se, que constitueix una font de referència per a l’estudi de l’exili educatiu català. Entre altres publicacions cal destacar L’exili dels mestres (1939-1975) (1995), una de les seves obres de referència, Narcís Masó: pedagog de l’escola activa (1996), Els mestres de la República (2006) i Els mestres de la República en imatges (2008), amb Raimon Portell, Una veu de l’exili. Les cartes del mestre Josep Vilalta (febrer 1939 - abril 1941) (2019), 1939: l’exili del magisteri de Catalunya (2020), i El dietari de Jaume Anglada Rodellas, mestre republicà de Casserres. Curs 1933-1934 (2026), amb Pol Navarro Costa. Publicà nombrosos llibres, capítols i articles científics sobre història de l’educació i participà activament en congressos i projectes de recerca.
Paral·lelament a la seva activitat acadèmica, desenvolupà una intensa tasca de compromís cívic i social. El 1975 fou impulsor de Justícia i Pau a Girona, entitat que posteriorment presidí, i participà en diverses iniciatives vinculades a la defensa dels drets humans, la cultura de la pau i la recuperació de la memòria democràtica. Col·laborà estretament amb el Museu Memorial de l’Exili (MUME) i presidí la Societat d’Història de l’Educació dels Països de Llengua Catalana (2005-15), entitat de la qual posteriorment fou nomenat president d’honor.
Considerat una de les principals figures de la historiografia educativa catalana contemporània, especialment pels seus estudis sobre la depuració i l’exili del magisteri republicà després de la Guerra Civil, al llarg de la seva trajectòria rebé diversos reconeixements per la seva aportació a la pedagogia i a la historiografia de l’educació —premi Mestres 68, la distinció Jaume Vicens Vives (2006, etc.). El març del 2026, la Universitat de Girona li reté homenatge amb la publicació del volum Salomó Marquès, educació, memòria i democràcia, dedicat al seu llegat intel·lectual, docent i cívic.